全面加快海港、空港、高铁三大枢纽经济区建设，沐鸣帐号注册南京航运交易中心获批筹建。完成全市沿江27处非法码头清理取缔任务。长江南京以下12.5米深水航道二期工程初通至南京。开通“宜宾—南京”集装箱直航快班和中欧（南京—莫斯科）货运班列。保障宁启铁路于5月15日开通运营。2016年南京港预计完成货物吞吐量2.24亿吨，完成集装箱吞吐量310万标箱。
 
继续推进龙潭、西坝、七坝、铜井四大公用港区建设，龙潭港区四期、铜井港区三期、五期等工程开展竣工验收。西坝五期、梅钢原料码头、七坝起步、南钢、弘阳等码头试运行。
 
正式启动“智慧港航”建设，沐鸣注册实现与厅港口局等多部门系统平台数据的采集对接和港口视频在“智慧港航”平台的同步展示。推进“南京港口应急救援基地”建设，确定3处港口应急物资公共储备库建设库房选址，启动库房改造建设。强化南京港海轮锚地管理，实行信息化调度。推进南京港联检锚地扩能改造前期工作，完成锚地年度扫测工作，为社会船舶提供便捷锚泊服务。